De acordo com os incisos 17 e 24, da Portaria MCTI n° 55/1990, e o Art. 6º do Decreto 98.830/1990 o CNPq tem até 120 dias para analisar as propostas. Cabe à área técnica do CNPq analisar os aspectos formais e documentais e aos consultores ad hoc  emitir parecer de mérito sobre:

- a contribuição para o desenvolvimento científico-tecnológico nacional;
- o conceito técnico-científico da instituição brasileira;
- o grau de participação e responsabilidade da instituição brasileira envolvida;
- a qualificação e competência científica dos participantes estrangeiros;
- a metodologia a ser empregada nos trabalhos;
- as fontes e garantias de recursos para o desenvolvimento dos trabalhos; e
- a experiência anterior no assunto da proposta.

A proposta que não for recomendada pelos consultores será automaticamente indeferida e o coordenador brasileiro comunicado da decisão.