O objetivo do Sistema Nacional de Pesquisa é fomentar e ampliar o conhecimento da biodiversidade brasileira, melhorar a capacidade preditiva de respostas a mudanças globais, particularmente às mudanças de uso e cobertura da terra e mudanças climáticas; associando as pesquisas à formação de recursos humanos, educação ambiental e divulgação do conhecimento científico. Entre os eixos temáticos do programa estão: a) Ampliação do conhecimento da biodiversidade; b) Padrões e processos relacionados à biodiversidade; c) Monitoramento da biodiversidade; d) Desenvolvimento de bioprodutos e usos da biodiversidade.
O programa SISBIOTA teve seu primeiro Edital lançado em 2010 - Edital MCT/CNPq/MMA/MEC/CAPES/FNDCT - Ação Transversal/FAPs Nº 47/2010, que aprovou propostas de pesquisa nos sete biomas brasileiros (Amazônia, Caatinga, Cerrado, Pantanal, Mata Atlântica, Pampa e Zona Costeiro-Marinha), em três chamadas distintas: CHAMADA 1 - Sínteses e Lacunas do Conhecimento da Biodiversidade Brasileira (1 proposta); CHAMADA 2 - Pesquisa em redes temáticas para ampliação do conhecimento sobre a biota, o papel funcional, uso e conservação da biodiversidade brasileira (26 propostas); CHAMADA 3 - Pesquisa em redes temáticas para o entendimento e previsão de respostas da biodiversidade brasileira às mudanças climáticas e aos usos da terra (6 propostas).
Um documento básico do SISBIOTA foi elaborado com as diretrizes básicas do programa, tendo sido instituídos os Comitês Gestor e Científico para o seu acompanhamento, instituídos pela Portaria CNPq 236/2010, estando previstas reuniões de integração, acompanhamento e avaliação dos projetos e redes de pesquisa. Com isso, espera-se que o Programa SISBIOTA contribua de forma efetiva para a conservação e o uso sustentável da biodiversidade brasileira.