O CNPq, por meio da Coordenaçã Geral de Cooperação Internacional, apóia a formação de recursos humanos no exterior e no Brasil mediante a concessão de bolsas de estudos nas modalidades de especialização, doutorado, doutorado-sanduíche e pós-doutorado, obedecendo a critérios conjuntamente estabelecidos entre o CNPq e a(s) agência(s) convenente(s) estrangeira(s). 

Para brasileiros

A concessão de bolsas no exterior para brasileiros pela cooperação internacional atualmente se aplica exclusivamente aos convênios DAAD (Alemanha), CESMAT (França), IAS (França) e o Centro de Estudos Brasileiros da Universidade de Salamanca (Espanha). Outras oportunidades são atualmente concedidas por meio de chamadas no âmbito do Programa Ciência sem Fronteiras e pelo calendário do CNPq.

Para estrangeiros

As oportunidades oferecidas pela CGCIN para estrangeiros são pelo PEC-PG (Mestrado e Doutorado) e Convênio com a TWAS (Doutorado e Pós-Doutorado).