O PROTAX, regido pela Resolução Normativa - RN 006/2007 do CNPq, tem como objetivo o estímulo à formação de recursos humanos em Taxonomia e curadoria, atraindo jovens estudantes de graduação e pós-graduação, relevantes ao desenvolvimento científico e tecnológico nacional no tema. É uma parceria firmada entre o CNPq, CAPES e MCT, visando apoiar a implementação das ações do Programa de Pesquisa em Biodiversidade do MCTI (PPBio), das Diretrizes da Política Nacional de Biodiversidade e da Convenção das Nações Unidas sobre Diversidade Biológica.
A primeira etapa do programa teve duração de 5 anos, finalizando em 30 de novembro de 2010. Foram concedidas bolsas de Mestrado, Doutorado e de pós-doutorado especial em taxonomia, além de auxílio para despesas de custeio e capital e um notebook aos cursos de pós-graduação selecionados.
A segunda etapa culminou com o lançamento do Edital MCT/CNPq/MEC/CAPES Nº 52/2010 - PROTAX - Programa de Capacitação em Taxonomia , visando dar continuidade ao iniciado em 2005, onde foram selecionados projetos que visem contribuir significativamente para o desenvolvimento científico e tecnológico, por meio da formação de recursos humanos, de forma a estimular e desenvolver a capacidade taxonômica instalada do País. Foram concedidas bolsas de iniciação científica, apoio técnico, mestrado, doutorado e pós-doutorado júnior, e recursos financeiros em custeio. A CAPES aportou recursos adicionais em bolsas aos projetos aprovados, contratadas diretamente por aquela Agência.