No PELD, os projetos (ou sítios de pesquisa) são contratados exclusivamente através de Chamadas Públicas.
A primeira Chamada do PELD, lançada no ano de 1997, marcou a efetiva implementação do Programa com a contratação de nove sítios.
Em 2001, foi lançada a segunda Chamada, com contratação de mais três sítios localizados nos biomas Caatinga e Pantanal.
Em 2009, o Edital MCT/CNPQ nº 59/2009 contou com recursos suplementares do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), o que permitiu a expansão do PELD, com contratação de 26 sítios.
Em 2012, a Chamada MCTI/CNPq/FAPs nº 34/2012 contou com recursos suplementares do MCTI e das FAPs, o que permitiu a contratação de 30 sítios de pesquisa.
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