A necessidade de se criar no Brasil um Programa de Pesquisa voltado ao tema da Ecologia de Longa Duração foi inicialmente levantada e discutida no âmbito do Fórum dos Coordenadores de Programas de Pós-Graduação em Ecologia, a partir de meados da década de 1990. Em janeiro de 1997, o então Presidente do CNPq, Prof. José Galizia Tundisi, institui a Comissão Coordenadora do Programa Integrado de Ecologia, do qual o PELD era um dos sub-programas.
Em setembro de 1997, o CNPq lança o primeiro Edital para contratação de sítios PELD. Os primeiros recursos são liberados aos projetos em 1999. Já em 2000, o PELD ganha um destaque orçamentário específico no Plano Plurianual 2000-2003 do Governo Federal, o que garantiu a sua longevidade. Em 2001, 2009 e 2012 foram lançadas novas Chamadas Públicas para contratação de projetos.
Ao longo de todo este período, o CNPq vem realizando o Acompanhamento & Avaliação (A&A) do Programa. Em setembro de 2015, foi realizada a 9ª Reunião de A&A do PELD, na sede do CNPq em Brasília.
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