O PRONEX é composto pelos seguintes órgãos colegiados:

Comissão de Coordenação (CC/PRONEX)

A CC/PRONEX tem por finalidade exercer a administração do PRONEX, competindo-lhe fazer o julgamento final das propostas aprovadas pelos Comitês de seleção local, entre outras tarefas.

Portaria do MCT n° 294, de 10/07/1996, que aprova o Regimento Interno da CC/PRONEX.

Composição atual da Comissão de Coordenação.

Comitê de Acompanhamento e Avaliação (CAA/PRONEX)

Ao CAA/PRONEX cabe o estabelecimento de normas e de critérios para Acompanhamento e Avaliação (A&A), assim como a escolha de consultores ad hoc para cada projeto.

Portaria do MCT n° 402, de 10/10/1997, de constituição do CAA/PRONEX.

Composição atual do Comitê de Acompanhamento e Avaliação.

O PRONEX também pode contar com a atuação de consultores ad hoc provenientes de diversos setores da comunidade científica. Os consultores atuam nos processos de seleção e de acompanhamento e avaliação, mediante indicação dos órgãos colegiados. Participam, especificamente:

- nos comitês de seleção local, comorepresentantes do CNPq na primeira etapa de seleção dos projetos, no caso dos editais lançados em parceria com os Estados;
- em comitês setoriais, no caso de editais lançados pelo CNPq em nível nacional;
- em visitas de acompanhamento e avaliação;
- em seminários de acompanhamento e avaliação relativos aos projetos aprovados em cada edital, em caráter parcial e final.