O Programa Antártico Brasileiro é gerido por uma parceria entre ministérios e uma agência de fomento. Efetivamente, participam do PROANTAR os ministérios da Ciência e Tecnologia, do Meio Ambiente, das Minas e Energia, das Relações Exteriores, da Defesa (Marinha e Aeronáutica) e o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

Ao CNPq cabe o financiamento e a coordenação da execução das pesquisas, realizadas por universidades e outras instituições, além da formação de pesquisadores com conhecimento sobre Antártica. Para o exame dos projetos, a agência conta com seu Grupo de Assessoramento que só aprova projetos que tenham mérito científico, apresentem orçamento aceitável e não causem danos ambientais. O CNPq responde ainda pela concessão de bolsas de formação.

Por sua vez, o Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT) se ocupa da definição da política científica, buscando, sempre que possível e conveniente, alinhar a pesquisa brasileira às diretrizes do Comitê Científico sobre Pesquisas Antártica (SCAR) que, em verdade, define os grandes projetos internacionais da ciência antártica. Com base no Protocolo de Madri, o Ministério do Meio Ambiente (MMA) procura garantir que as atividades brasileiras desenvolvidas na Antártica cumpram com as regras internacionais com vistas a minimizar o impacto da presença humana em solo antártico. O Ministério das Relações Exteriores, órgão responsável pela Política Nacional para os Assuntos Antárticos, conduz a atuação internacional do Brasil no âmbito do Tratado da Antártica.

O Ministério da Defesa atua no PROANTAR por intermédio dos Comandos da Marinha e da Aeronáutica. A Marinha do Brasil sedia a Secretaria da Comissão Interministerial para Recursos do Mar (SECIRM), que gerencia o Programa Antártico Brasileiro (PROANTAR), planeja as Operações Antárticas e financia o segmento logístico do Programa, mantendo a Estação Ferraz, refúgios e acampamentos, além da Estação de Apoio Antártico, na Fundação Universidade do Rio Grande. A Aeronáutica realiza, com aeronaves C130, os vôos de apoio ao PROANTAR. O Decreto nº 86.830, de 12 de janeiro de 1982, atribui à Comissão Interministerial para os Recursos do Mar (CIRM) a elaboração do projeto do Programa Antártico Brasileiro.

Outro parceiro importante é o Ministério das Minas e Energia, que fornece, por intermédio da Petrobras, combustíveis especialmente desenvolvidos para regiões geladas, essenciais ao abastecimento dos motores-geradores da Estação, à propulsão do navio polar e embarcações, dos helicópteros, dos veículos terrestres e do avião da FAB.

I - Coordenador: Comandante da Marinha
II - Membros:

• Casa Civil da Presidência da República
• Ministério da Defesa
• Ministério de Ciência e Tecnologia
• Ministério do Meio Ambiente
• Ministério das Relações Exteriores
• Ministério do Transportes
• Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento
• Ministério da Educação
• Ministério do Desenvolvimento, Indústria e Comércio Exterior
• Ministério de Minas e Energia
• Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão
• Ministério do Esporte
• Ministério do Turismo
• Secretaria Especial de Agricultura e Pesca