O Programa Institutos do Milênio é uma iniciativa do Ministério da Ciência e Tecnologia executada pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), que visa ampliar as opções de financiamento de projetos mais abrangentes e relevantes de pesquisa científica e de desenvolvimento tecnológico.

Destinado a promover a formação de redes de pesquisa em todo território nacional, o Programa busca a excelência científica e tecnológica em qualquer área do conhecimento, assim como em áreas priorizadas pelo Ministério da Ciência e Tecnologia. O principal objetivo é estender os padrões de excelência a um número crescente de instituições em diferentes regiões do país.

Em sua primeira fase, o Programa Institutos do Milênio foi desenvolvido dentro do Programa de Apoio ao Desenvolvimento Científico Tecnológico (PADCT), contando com empréstimos do Banco Mundial para apoio a 17 projetos.

Nesta nova fase do Programa, 34 projetos, aprovados no âmbito do Edital MCT/CNPq nº 01/2005 – Instituto Milênio, estão sendo apoiados com recursos inteiramente do Governo Brasileiro e buscam o desenvolvimento de institutos que constituem a vanguarda do conhecimento científico e tecnológico, nos diversos campos da C&T.