O Programa de Pesquisa em Biodiversidade PPBio foi criado pelo MCT em junho de 2004 e está consonância com os princípios da Convenção sobre Diversidade Biológica e com as Diretrizes da Política Nacional de Biodiversidade. De abrangência nacional, o Programa em sua fase inicial impulsionará as atividades na Amazônia Oriental - Museu Paraense Emílio Goeldi, na Amazônia Ocidental - Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia e no Semi-árido - Universidade Federal de Feira de Santana. O objetivo central do PPBio é articular a competência regional e nacional para que o conhecimento da biodiversidade brasileira seja ampliado e disseminado de forma planejada e coordenada. O CNPq participa deste Programa como membro do Comitê Científico, além de operacionalizar a implementação dos auxílios a pesquisa e bolsas. Auxilia também no acompanhamento e avaliação do desempenho dos projetos juntamente com o Núcleo Coordenador do PPBio.

Articular a competência regional e nacional para que o conhecimento da biodiversidade brasileira seja ampliado e disseminado de forma planejada e coordenada.