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2005

• Instituto do Milênio de Informação Quântica
• Instituto do Milênio do Semi-Árido: Recursos Vegetais da Caatinga
• Intolerância/Tolerância - Democracia e Cidadania
• Instituto do Milênio de Fluidos Complexos: Cristais Líquidos, Fluidos Magnéticos e de Interesse Biológico
• Instituto de Nanotecnologia
• Rede TB - Estratégias Integradas para Pesquisa e Controle da Tuberculose no Brasil
• Instituto de Óptica não Linear, Fotônica e Bio-Fotônica
• Estação Digital Médica - Estratégia de Implementação e Ampliação da Telemedicina no Brasil
• Instituto do Milênio: Inovação e Desenvolvimento de Novos Fármacos e Medicamentos
• Produtividade, Sustentabilidade e Utilização do Ecossistema do Banco de Abrolhos
• Melhoramento da Produtividade Agrícola Brasileira via Fixação Biologia de Nitrogênio e Transgenia
• Ancestralidade Genômica e Identidade Nacional - Implicações Biomédicas e Forenses
• Tecnologias Aplicadas ao Controle das Intoxicações por Plantas em Herbívoros no Brasil e Estudo das Plantas Tóxicas nas Regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste
• Instituto do Milênio de Materiais Complexos
• Avanço Global e Integrado da Matemática Brasileira e Contribuição a Região
• Tecnologias de Micro e Nanoeletrônica para Sistemas Integrados Inteligentes
• O Impacto da Violência na Saúde Mental da População Brasileira
• Instituto do Milênio de Biologia Estrutural em Biomedicina e Biotecnologia
• Instituto Fábrica do Milênio
• Instituto de Investigação em Imunologia
• Observatório das Metrópoles: Território, Coesão Social e Governança Democrática
• Transferência de Nutrientes e Metais Pesados na Interação Continente-Oceano em Cinco Bacias do litoral Sudeste e Nordeste Brasileiro
• Uso da Biodiversidade como Fonte de Novos Compostos Químicos Contra Alvos Moleculares Definidos para o Tratamento de Malária, Tuberculose e Doenças Mediadas por Linfócitos T
• Instituto do Milênio para o Desenvolvimento de Fármacos Baseados em Toxinas Peptídicas
• Psicologia Evolucionista
• Dicionário Histórico do Português do Brasil (Séculos XVI, XVII e XVIII)
• A Dimensão Social das Desigualdades: Sistema de Indicadores de Estratificação e mobilidade Social
• Origem e Evolução Migratória dos Primeiros Grupos Humanos no Sudeste do Piauí
• Processos Redox: Bases Moleculares e Implicações Terapêuticas
• Integração de Abordagens do Ambiente, Uso da Terra e Dinâmica Social na Amazônia: As Relações Homem-Ambiente e o Desafio da Sustentabilidade
• Rede de Terapia Gênica
• Estudos Geofísicos e Tectônicos na Província Borborema
• Instituto do Milênio de Desenvolvimento e Tecnologia em Vacinas
• Instituto Multidisciplinar de Materiais Polimérico

2001

• Avanço Global e Integrado da Matemática Brasileira
• Instituto do Milênio para Evolução de Estrelas e Galáxias na era dos grandes telescópios
• Fábrica do Milênio
• Instituto do Milênio de Materiais Complexos
• Instituto Multidisciplinar de Materiais Poliméricos
• Instituto de Informação Quântica
• Instituto de Nanociências
• Rede de Pesquisa em Sistema em Chip, Microssistemas e Nanoeletrônica
• Estratégias integradas para estudo e controle da tuberculose no Brasil: novas drogas e vacinas, testes diagnósticos e avaliação clínico-operacional
• Instituto de Investigação em Imunologia
• Bioengenharia Tecidual: Terapias celulares para doenças crônico-degenerativas
• Integração de melhoramento genético, genoma funcional e comparativo de citrus
• Água - uma visão mineral
• Semi-Árido: Biodiversidade, Bioprospecção e Conservação de Recursos Naturais
• Mudanças de uso de solo na Amazônia: climáticas e na reciclagem de carbonos
• Núcleo de Estudos Costeiros
• Oceanografia: Uso e Apropriação de recursos costeiros